L'UNFPA a ouvert ses portes en juin 1978. Depuis, sixprogrammes d'assitance ont vu le jour. Le premier programme (1978-1986) a permis la prise de conscience des problèmes de population. Le second programme (1987-1992) a mis l'accent sur les activités de Santé Maternelle et Infantile, Planning Familiale et condition des femmes. Le troisième programme (1993-1998) se caractérise par l'extention des actions en matière de population et développement.
Le quatrième programme (1999-2004), d'un montant de 14,4 millions de dollars US. Le but du programme est de contribuer à l'atteinte des objectifs du Gouvernement en matière de reduction de la pauvreté, de dynamique de population et de développement durable, en particulier à travers l'amélioration de la Santé de la Reproduction et la promotion de l'égalité et de l'équité, liées au genre.

Le cinquième programme (2005-2009): d'un montant de 11,7 millions de dollars US. Ce programme de coopération UNFPA Madagascar couvrait trois composantes programmes : Population et Développement, Genre et Santé de la Reproduction. Pour des raisons d’alignement du Système des Nations Unies au MAP, le cycle du programme a été réduit à 2005-2007.

Le sixième programme pour la période 2008-2011 avec une extension 2012-2013
Ce programme, d’une durée de quatre ans, concorde avec l’UNDAF 2008-2011 qui est aligné au MAP. Le CPAP est basé sur les cinq (5) domaines de coopération de l’UNDAF, soit 1) la gouvernance et la solidarité nationale, 2) l’infrastructure reliée et économie à forte croissance, 3) la transformation de l’éducation, 4) le développement rural et l’environnement, et 5) la santé, le Planning Familial et la réponse aux VIH et SIDA. Ces domaines de coopération sont aussi bien liés aux OMD qu’aux droits humains et tiennent compte des avantages comparatifs du Système des Nations Unies à Madagascar. Ce CPAP est en accord avec les réformes des Nations Unies qui prônent le renforcement des interventions sur le terrain grâce à une réponse collective du Système des Nations Unies aux principales priorités nationales. Il trouve également son fondement dans le Programme d’Action de la CIPD, les OMD et la Plate Forme de Beijing. Le but de ce CPAP est de mettre en oeuvre le CPD afin de contribuer aux objectifs du MAP en vue de réduire, à moyen terme, le niveau de pauvreté actuelle du pays. Il sera mis en oeuvre à travers la réalisation des effets suivants : (i) La population, particulièrement les groupes les plus vulnérables, ont accès et utilisent les services de qualité en santé de la reproduction et planification familiale ; (ii) Utilisation accrue des informations socio-économiques et démographiques fiables ventilées par sexe et par âge sur la population et développement, aux fins d’élaboration, de gestion, de suivi et d’évaluation des stratégies et programmes nationaux, décentralisés et sectoriels (PDSS, PSN, PANAGED…) de mise en oeuvre du MAP et des OMD ; (iii) Environnement juridique et socio-culturel favorable à la réduction des abus contre les femmes, à l’élimination des pratiques traditionnelles qui affectent négativement les femmes et à la promotion de la parenté responsable. Ce programme, lié au Plan Stratégique 2008-2011 de l’UNFPA, répond aux priorités nationales. Il contribuera ainsi à la réalisation des buts de l’organisation dans le domaine de la Santé de la Reproduction, de la Population et du Développement et du Genre. Les volets sécurisation des produits contraceptifs, formation en prestation de services SR/PF, les campagnes de IEC/CCC, plaidoyer et mobilisation de ressources et l’élaboration de guides et normes en SR/PF auront une couverture nationale pour tenir compte du besoin urgent du Gouvernement et des décideurs politiques de plus haut niveau de réduire la mortalité maternelle et d’augmenter l’utilisation de la planification familiale à court et moyen termes. Cependant un paquet complet d’interventions en SR/PF, incluant l’appui à la référence, sera fourni dans les douze régions de concentration de l’appui de l’UNFPA. Identifiées en concertation avec le Gouvernement et les autres partenaires au développement, ces douze régions sont : Diana, Sava, Sofia, Betsiboka, Analamanga, Atsimo Andrefana, Melaky, Androy, Anosy, Vatovavy Fitovinany, Haute Matsiatra et 10 Vakinankaratra. Néanmoins, le programme développera un partenariat stratégique pour aider le Gouvernement à mobiliser les ressources en vue de couvrir les autres régions du pays. S’agissant spécifiquement de l’appui en situation d’urgence, le programme adoptera une flexibilité pour déterminer les zones d’intervention car celles-ci doivent être conformes avec les données provenant du Bureau National de Gestion des Risques et Catastrophes (BNGRC). L’appui du programme relatif à la composante Population et Développement se fera essentiellement à travers le renforcement des capacités nationales dans la planification, le suivi et évaluation des programmes nationaux et régionaux de développement. Il agira à travers : (i) l’appui à la production de données fiables sur la population et développement et (ii) l’appui à la prise en compte des liens entre population et développement dans le processus de développement du pays. Les interventions se feront essentiellement au niveau national. Toutefois, pour la production de données au niveau des régions, l’appui se limitera aux douze régions de concentration de l’UNFPA et aux zones exposées aux risques de catastrophe qui seront déterminées en fonction du mapping du BNGRC. S’agissant de la composante genre, l’appui du programme consistera à réduire les inégalités de sexes et promouvoir l’autonomisation de la femme. Il se fera essentiellement à travers (i) le plaidoyer et l’appui institutionnel, (ii) l’extension des activités de terrain à travers les centres d’écoute, la lutte contre la violence basée sur le Genre et l’appui aux activités génératrices de revenu. Le plaidoyer et l’appui institutionnel se fera au niveau national. Les autres interventions spécifiques, se feront dans des zones précises à identifier avec le Gouvernement en fonction des ressources disponibles. La définition de ces zones devrait tenir compte, d’une part, des interventions des autres partenaires dont le SNU et d’autre part, du niveau de vulnérabilité de la population par rapport aux problèmes d’inégalité de sexe, pour veiller à l’utilisation optimale des ressources et à la complémentarité des actions avec les autres intervenants, conformément au principe de l’UNDAF. Les zones exposées aux risques de catastrophes et les douze régions de concentration de l’appui en SR/PF auront naturellement une attention particulière. Les produits et activités de ce CPAP se regroupent en trois composantes : a) Santé de la Reproduction, b) Population et Développement, et c) Genre.